Prof. Linhart vystudoval 1. LF UK v Praze. Svoji odbornou kariéru spojil s II. interní klinikou 1. LF UK a VFN, kde působí trvale s výjimkou tří let, která strávil v pařížské nemocnici Broussais na pracovišti profesora Joëla Ménarda, a stáže na Texas Heart Institute v Houstonu. Postupně získal specializaci pro obory vnitřní lékařství, kardiologie a angiologie. Od svého návratu z Paříže v roce 1997 se věnoval především neinvazivní kardiologii a zobrazovacím metodám. Svoji vědeckou práci zaměřil na výzkum aterosklerózy, změn srdečního svalu a na vzácná metabolická onemocnění srdce. V roce 2001 obhájil habilitační práci a doktorát věd a v roce 2004 byl jmenován profesorem pro obor vnitřní lékařství na Univerzitě Karlově. Na klinice vedl nejprve echokardiografickou laboratoř, v letech 1999–2005 byl zástupcem přednosty kliniky a od roku 2005 až dosud je jejím přednostou. Stál u zrodu několika odborných akcí, jako jsou Praguecho nebo Prague Angio, a v letech 2017 a 2018 předsedal odborné Pracovní skupině pro choroby myokardu a perikardu Evropské kardiologické společnosti. Kromě odborné práce se věnuje i výuce studentů na 1. LF UK, kde mimo jiné v letech 2005–2012 působil v roli proděkana a od roku 2023 je proděkanem pro zahraniční styky. V České kardiologické společnosti působil opakovaně v roli jejího vědeckého sekretáře a předsedy pracovních skupin echokardiografie a preventivní kardiologie, v letech 2019–2023 byl předsedou společnosti, nyní je jejím místopředsedou. Profesor Aleš Linhart dosud publikoval více než 400 prací uvedených na Web of Science a jeho citační ohlas dosáhl 17 500 citací, sepsal 83 kapitol v monografiích, aktuální H‑index je 42.
